Fabrication

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On fait réagir de l'huile avec de l'alcool pour diminuer sa viscosité. En principe toutes les huiles peuvent être utilisées, mais, en France les producteurs choisissent souvent de l'huile de colza, tandis qu'aux États-Unis, les fabricants préfèrent le soja et dans une moindre mesure le canola (variété de colza de printemps à basse teneur en acide érucique). Les États-Unis sont par ailleurs les plus gros producteurs de soja devant le Brésil. Mais c'est peut-être à partir d'algues que les huiles pourront être produites avec le meilleur rendement , rendant ainsi envisageable une production de biodiesel à grande échelle d'ici 5-8 ans. L'alcool est la plupart du temps du méthanol.
Pour augmenter la vitesse de réaction, il faut chauffer le liquide vers 50 °C et ajouter une base comme catalyseur. La base peut être, par exemple, de l'hydroxyde de sodium, également appelé soude caustique (NaOH). Pour un meilleur rendement énergétique global on peut aussi choisir de laisser simplement réagir sans chauffer, la réaction prenant alors quelques heures.
Le procédé (transestérification) permet de récupérer de la glycérine, ce qui est une source de valeur ajoutée. Il faut 100 kg de méthanol pour transestérifier une tonne d'huile végétale (ester d'acides gras et de glycérol) de colza en présence d'un catalyseur alcalin. On obtient alors une tonne de diester (ester d'acides gras et de méthanol) et 100 kg de glycérine réutilisable dans l'industrie chimique ou alimentaire. Dans la balance économique il faut compter les tourteaux de colza, sous-produit de l'extraction de l'huile qui constitue une importante source de protéines végétales en alimentation animale.